Endoscopie wordt meestal gebruikt om de bovenste luchtwegen te onderzoeken maar het kan ook gebruikt worden voor het onderzoek van de blaas en de slokdarm. De endoscoop is een camera die via de neus naar binnen gebracht wordt. Dit is een techniek die gebruikt wordt om de neusholtes en het ethmoid, de luchtzakken, de larynx, de farynx en de trachea te onderzoeken.
Dynamische endoscopie
Dynamische endoscopie is een endoscopie die uitgevoerd wordt terwijl het paard aan het werken is. Dit type endoscopie kan zeer nuttig zijn omdat sommige abnormaliteiten van de bovenste luchtwegen enkel zichtbaar zijn tijdens arbeid en dus niet opgemerkt worden bij een normale endoscopie (in rust).